Sau ba chuyến đi khứ hồi hộ tống các tàu buôn đi lại giữa và Trân Châu Cảng, Harold C. Thomas phục vụ cho hoạt động huấn luyện tàu ngầm của Hạm đội Thái Bình Dương từ ngày 2 đến ngày 20 tháng 11, 1943. Nó khởi hành từ Trân Châu Cảng vào ngày 20 tháng 11 cùng một đoàn tàu buôn và tàu chở hàng, đi đến Abemama thuộc quần đảo Gilbert vào ngày 28 tháng 11, một tuần sau khi lực lượng Đệ Ngũ hạm đội dưới quyền Đô đốc Raymond A. Spruance bắt đầu chiến dịch chiếm đóng quần đảo này. Con tàu đã hoạt động tuần tra và hộ tống vận tải tại khu vực quần đảo Gilbert cho đến hết năm 1943. [1]

Sau khi được bảo trì vào đầu năm 1944, Harold C. Thomas lên đường trong vai trò soái hạm của Đội hộ tống 10 vào ngày 29 tháng 2. Đi đến Eniwetok thuộc quần đảo Marshall vào ngày 11 tháng 3, nó làm nhiệm vụ hộ tống vận tải tại khu vực này cho đến ngày 30 tháng 3, khi nó được điều sang một đội tìm-diệt tàu ngầm để hoạt động tuần tra chống tàu ngầm tại khu vực phía Đông quân đảo Marshall. Quay trở lại Trân Châu Cảng vào ngày 6 tháng 5, con tàu quay lại vai trò hộ tống vận tải cho các tàu buôn, tàu chở hàng và tàu chuyển quân di chuyển từ vùng quần đảo Hawaii đến các khu vực Marshall, Admiralty, Palau và Mariana, xen kẻ với nhiệm vụ huấn luyện tàu ngầm tại Trân Châu Cảng. Vào ngày 21 tháng 11, nó đã cứu vớt bảy người sống sót từ một thủy phi cơ PBM Mariner bị rơi trên biển ngoài khơi Majuro.[1]

Khởi hành từ Trân Châu Cảng vào ngày 21 tháng 1, 1945 để quay trở về vùng bờ Tây, nó về đến San Francisco, California sáu ngày sau đó, và tiếp tục đi đến San Diego, California để được đại tu theo định kỳ. Nó quay trở lại Trân Châu Cảng vào ngày 5 tháng 4, nơi nó hoạt động huấn luyện tàu ngầm và hộ tống vận tải cho đến khi chiến tranh kết thúc.[1]

Harold C. Thomas rời khu vực quần đảo Hawaii vào ngày 21 tháng 9 để quay trở về Hoa Kỳ, về đến San Pedro, California vào ngày 27 tháng 9. Con tàu được cho xuất biên chế tại đây vào ngày 26 tháng 10, 1945, rồi được bán cho hãng Pacific Bridge Co. tại San Francisco, California vào ngày 25 tháng 11, 1946 để tháo dỡ.[1]